Las Ciudades de Melilla y Ceuta no forman parte del territorio aduanero de la Unión Europea, y por lo tanto, son considerados como territorios exteriores a efectos aduaneros.
Las entradas y salidas de mercancías desde Ceuta y Melilla también tienen la consideración de importaciones o exportaciones aunque sean envíos dirigidos al resto del territorio nacional. Obviamente, en sentido contrario pasa lo mismo, los envíos entre la Península, Baleares y Canarias hacia Ceuta y Melilla también tiene la consideración de Importaciones y Exportaciones. Tendrían esta misma consideración los envíos entre los propios territorios de Ceuta con Melilla y viceversa.
Una característica que hay que resaltar en el comercio entre Marruecos y la Ciudad de Ceuta es que Marruecos no reconoce formalmente la existencia de recinto aduanero en Ceuta, sino simplemente puesto de control de paso de personas por la Aduana de El Tarajal. Esta situación dificulta en muchas ocasiones la obtención de los documentos comerciales y de origen de las mercancías para su correcta circulación entre Marruecos y la Ciudad de Ceuta. En Melilla la Aduana de Beni Enzar si tiene la consideración de Aduana comercial.
Imposición indirecta:
Impuesto sobre el Valor Añadido: no se aplica. En su lugar, es de aplicación el Impuesto sobre la Producción, los Servicios y la Importación (IPSI).
Impuestos Especiales: sólo se exigen el Impuesto Especial sobre Determinados Medios de Transporte y, de los impuestos de fabricación, el Impuesto Especial sobre la Electricidad. Sin embargo, existe un gravamen complementario del IPSI sobre las labores del tabaco y sobre el carburante y los combustibles.
REGLAMENTO (CE) No 82/2001 DEL CONSEJO relativo a la definición de la noción de «productos originarios» y a los métodos de cooperación administrativa en el comercio entre el territorio aduanero de la Comunidad y Ceuta y Melilla.